Artykuł ma na celu zbadanie osobliwości mechanizmu finansowego zarządzania transgranicznymi zasobami naturalnymi, który jest bardzo zróżnicowany na całym świecie i obejmuje: fundusze powiernicze, stale odnawialne fundusze, partnerstwo publiczno-prywatne, finansowanie ze środków publicznych w państwach członkowskich. Promowanie współpracy transgranicznej w zakresie zarządzania zasobami naturalnymi charakteryzuje się częstym niedofinansowaniem i rozwiązanie jego mechanizmów nie jest wystarczające. Brak finansowania transgranicznego zarządzania odzwierciedla słabe wyniki rozwoju instytucjonalnego regionu transgranicznego w całości. Proces finansowania zarządzania transgranicznymi zasobami naturalnymi powinien składać się z czterech głównych kroków w celu promowania rozwoju transgranicznych mechanizmów instytucjonalnych: proces inicjacji, mechanizm instytucjonalny, realizacja programu i inwestycje w ramach wspólnego zarządzania transgranicznymi zasobami naturalnymi. Artykuł określa następujące zasady mechanizmu finansowego dla zarządzania transgranicznymi zasobami naturalnymi: zasada rocznego wkładu każdego państwa członkowskiego do budżetu euroregionu, zasada zanieczyszczający płaci, zasada otrzymywania funduszy za świadczenie usług. Na podstawie analizy doświadczeń zagranicznych oferujemy dwa sposoby tworzenia konkretnych funduszy na wsparcie zarządzania transgranicznymi zasobami wodnymi, takie jak: specjalny fundusz finansowania i dorzecze fundusz powierniczy. Skuteczne zarządzanie transgranicznymi zasobami naturalnymi wymaga obecności regionalnych instytucji zarządzania, które mogą sprzyjać współpracy między państwami i realizacji wspólnej strategii i wspólnej polityki zarządzania. Odpowiednie finansowanie transgranicznych mechanizmów współpracy i transgranicznych instytucji, które zarządzają tymi zasobami, powinno odbywać się w sposób zrównoważony. W szczególności finansowanie tworzenia i utrzymywania mechanizmów instytucjonalnych, budowania potencjału, rozwijania ram prawnych, zarządzania (w tym monitorowania wymiany danych i oceny), a także wspierać realizację wspólnych programów optymalizacji sprawiedliwego wykorzystania i ochrony wspólnych transgranicznych zasobów naturalnych. Wszystkie tradycyjne i innowacyjne mechanizmy finansowania powinny być traktowane jako opcje dla zrównoważonego finansowania instytucji zarządzania transgranicznego w celu promowania wspólnego zarządzania transgranicznymi zasobami naturalnymi oraz wspieranie wdrażania regionalnie skoordynowanej polityki.